"營(yíng)改增"之后能否抵扣順暢，最直接的決定因素就是發(fā)票制度，而發(fā)票制度的設定及實(shí)際運行中的不便，則是物流運輸企業(yè)實(shí)際稅負增加的顯著(zhù)因素。下游企業(yè)對增值稅發(fā)票需求增多，而上游獲取的渠道較少是個(gè)突出問(wèn)題，也增加了企業(yè)的風(fēng)險控制難度。此外，不同稅率發(fā)票的抵扣差額所產(chǎn)生的損失和部分抵扣項目有限制也造成了困惑。不過(guò)專(zhuān)家指出，企業(yè)不能總將問(wèn)題歸咎于稅改，外在經(jīng)濟環(huán)境和企業(yè)自身的管理也是影響稅負的因素。
　　上下游發(fā)票差額壓力大
　　"比之前營(yíng)業(yè)稅的時(shí)候頭痛一些。營(yíng)業(yè)稅時(shí)稅點(diǎn)低，由于不能抵扣，客戶(hù)不在意是否索要發(fā)票。而現在改成增值稅，索要發(fā)票的人明顯增多，過(guò)去五成人索要發(fā)票，而現在則達到了八九成以上，而從上游企業(yè)獲取的抵扣票有限。"浙江省紹興市一位不愿署名的物流運輸企業(yè)主告訴本報記者。
　　這導致了什么結果呢？
　　"比征營(yíng)業(yè)稅的時(shí)候稅負肯定高了，而且企業(yè)規模越大，受影響越大。從整個(gè)物流業(yè)來(lái)看，相對于航空、水運、鐵路來(lái)說(shuō)，跟公路聯(lián)系較密切的門(mén)類(lèi)利潤是最低的。像航空燃油成本占比很高，抵扣相對有保障。"上述業(yè)主表示。
　　"‘營(yíng)改增’雖然可以抵扣，但是稅率提高了，口子開(kāi)大了，風(fēng)險控制方面會(huì )吃力一點(diǎn)。客戶(hù)很在意報價(jià)，希望便宜點(diǎn)，但由于稅率由6個(gè)點(diǎn)到11個(gè)點(diǎn)，出于風(fēng)險控制我們可能會(huì )提高報價(jià)。有關(guān)部門(mén)規定，企業(yè)根據自身規模每個(gè)月只能拿相應數量的發(fā)票，這樣小客戶(hù)就不便開(kāi)增值稅發(fā)票了，會(huì )影響客源。"上海文力物流公司黎經(jīng)理向本報記者表明了稅點(diǎn)高和銷(xiāo)項票高于進(jìn)項票所產(chǎn)生的風(fēng)險控制壓力。
　　"大量運輸公司為小規模納稅人，對倉儲物流企業(yè)開(kāi)3%的票，而后者若為一般納稅人需向下游企業(yè)開(kāi)11%的票，有很大的抵扣差。作為側重物流的企業(yè)，拿的運輸發(fā)票不少是按小規模納稅人的發(fā)票給開(kāi)的，抵扣差價(jià)很大。跟之前采用營(yíng)業(yè)稅相比，稅負在增高。"蘇州越海物流公司負責人楊小姐向本報記者表達了稅率不統一帶來(lái)抵扣差額的困惑。
　　"小規模納稅人不能使用專(zhuān)用發(fā)票較為普遍，難以貫徹改革的最終意圖。適用3%征收率的做法削弱了增值稅，尤其是專(zhuān)用發(fā)票制度的優(yōu)越性。"西南財經(jīng)大學(xué)財政稅務(wù)學(xué)院教授付志宇對本報記者如此評價(jià)有關(guān)現象。
　　不過(guò)，有專(zhuān)家認為，外在經(jīng)濟環(huán)境也會(huì )成為感覺(jué)上負擔增高的原因。中央財經(jīng)大學(xué)財政稅收研究所所長(cháng)曾康華向本報記者表示，價(jià)格因素可以將稅基提高，流轉環(huán)節增加也能導致稅負增加。整個(gè)物流業(yè)規模增加，特別是電子商務(wù)發(fā)展很快，銷(xiāo)售勢頭很猛。從而整個(gè)物流業(yè)規模擴大，價(jià)格競爭異常激烈，削弱了企業(yè)利潤，容易對稅負格外敏感。
　　在日前舉辦的首屆中國網(wǎng)絡(luò )購物年會(huì )上，中鐵快運集團企業(yè)管理部部長(cháng)尚爾斌透露出一個(gè)數據：在快速增長(cháng)的巨大業(yè)務(wù)量背后，物流行業(yè)平均利潤率僅有5%。
　　發(fā)票限量的煩惱
　　發(fā)票限額控制是稅控系統的重要組成部分，一是發(fā)票數量的控制，二是發(fā)票開(kāi)票額度的控制。
　　根據《增值稅專(zhuān)用發(fā)票使用規定》的相關(guān)要求，最高開(kāi)票限額由一般納稅人申請，稅務(wù)機關(guān)依法審批。最高開(kāi)票限額為十萬(wàn)元及以下的，由區縣級稅務(wù)機關(guān)審批、核查；最高開(kāi)票限額為一百萬(wàn)元的，由地市級稅務(wù)機關(guān)審批、核查；最高開(kāi)票限額為一千萬(wàn)元及以上的，由省級稅務(wù)機關(guān)審批，地級市稅務(wù)機關(guān)負責實(shí)地核查，資料報省級稅務(wù)機關(guān)審核。防偽稅控系統的具體發(fā)行工作由區縣級稅務(wù)機關(guān)負責。
　　據上海市浦東區稅務(wù)局《浦東新區稅務(wù)局2014年10月行政許可增值稅防偽稅控系統最高開(kāi)票限額許可（2.0）》提供的企業(yè)名單顯示，共有上海永達英菲尼迪汽車(chē)銷(xiāo)售服務(wù)有限公司等291家企業(yè)納入此次稅控許可范圍。
　　紹興一位物流業(yè)主告訴本報記者："按11個(gè)點(diǎn)來(lái)開(kāi)發(fā)票，但發(fā)票的數量是有限額的，不能超量，對一些有意向的業(yè)務(wù)無(wú)法開(kāi)票。"本報記者在江蘇省也了解到類(lèi)似情況。
　　"另外，油票雖然可以抵扣，但稅務(wù)部門(mén)會(huì )進(jìn)行上限限制，不能超過(guò)規定的量，不能讓企業(yè)無(wú)限額地開(kāi)油票。"浙江省一位物流、運輸兼營(yíng)的一般納稅人業(yè)主向本報記者表示，有些本該是一般納稅人的物流運輸企業(yè)，為了降低稅負將自己拆分為幾家小企業(yè)享受小額納稅人待遇，這并非明智，不是長(cháng)久之計。
　　"‘營(yíng)改增’的制度是好的，但在操作層面不斷有變化。比如財務(wù)那邊拿票有限制，一個(gè)月拿不了多少票，開(kāi)小額發(fā)票就不太方便，影響了小客戶(hù)的接收。每個(gè)月前面給一些客戶(hù)開(kāi)完發(fā)票，后面的客戶(hù)拿票就不太方便。于是我就只給有一定額度的客戶(hù)開(kāi)發(fā)票，夠一萬(wàn)才開(kāi)。"上海文力物流公司黎經(jīng)理將發(fā)票數量限制帶來(lái)的不便說(shuō)得更加具體。
　　財政部稅政司一位昔日官員曾對本報記者表示，"營(yíng)改增"中部分企業(yè)稅負有所增加，主要是進(jìn)項稅抵扣不利，原因之一是改革還沒(méi)有全部到位，影響到進(jìn)項稅抵扣。再者，部分企業(yè)習慣了營(yíng)業(yè)稅的發(fā)票管理和經(jīng)營(yíng)方式，稅改后不適應。比如交通運輸企業(yè)，要做好抵扣，就需要規范發(fā)票管理。因此需要加強對企業(yè)的指導，使之更好地適應增值稅。"營(yíng)改增"的效果具有延后性，最終的稅負增加與否不能以短期數據來(lái)輕易下結論。減稅與否需要通過(guò)整個(gè)社會(huì )或行業(yè)總體的情況來(lái)判斷。